Kai kurie stiprikliai yra prieš promotorių, o kiti yra pasroviui, todėl izoliatoriaus poveikis nepriklauso nuo jo santykinės padėties promotoriui. Todėl izoliatoriaus poveikio kryptingumo priežastis dar nėra iki galo suprantama. Šiuo metu buvo nustatyta, kad du lokusai veikia izoliatoriaus funkciją per trans-aktyvinimą. S2J(Hw) genas koduoja nukleoproteiną, kuris atpažįsta izoliatorius; izoliatorius daro savo izoliacinį poveikį tik po jo pririšimo. Kai šis genas mutuoja, nors į y lokusą įterpiamas izoliatorius, izoliacinis poveikis prarandamas ir y išreiškiamas visuose audiniuose. Kitas lokusas yra mod(mdg 4), o šio geno mutacijos turi priešingą poveikį nei Su(Hw); visi šie mutantai sustiprina izoliacinį efektą, todėl izoliatoriaus izoliacinis poveikis nebėra kryptingas, o pratęsiamas, taip blokuojant prieš srovę ir pasroviui esančių stiprintuvų poveikį. Vienas iš paaiškinimų yra tas, kad Su (Hw) pirmiausia prisijungia prie izoliatoriaus DNR, suteikdamas izoliatoriui izoliacinį poveikį. Kai mod(mdg4) susijungia su Su(Hw), izoliatorius praranda izoliacinį poveikį; staigiai pasikeitus mod(mdg4), jis negali derintis su Su(Hw), todėl izoliatoriaus izoliacinis efektas vėl sustiprėja.
